Das Programm des Museums der Moderne Salzburg kennzeichnen zwei Grundlinien, die Arbeit mit der Sammlung und Wechselausstellungen unterschiedlichster Formate. Durch thematische Präsentationen der eigenen Sammlungen und Ausstellungen, die aus deren Kontext entwickelt werden, bildet die österreichische Kunst und hier besonders die Auseinandersetzung mit Arbeiten auf Papier einen Schwerpunkt.