Heute beherbergt es drei Museen: die Antikensammlung mit den Architektursälen und dem Skulpturentrakt, das Vorderasiatische Museum und das Museum für Islamische Kunst. Durch die imposanten Rekonstruktionen archäologischer Bauensembles – Pergamonaltar, Markttor von Milet und Ischtar-Tor mit Prozessionsstraße von Babylon und Mschatta-Fassade – ist das Museum weltweit bekannt geworden.